Я как правило у гитары низа всегда подрезаю. Особенно когда юзаю TSE X-30 вместе с кабинетом LePou Cab.
И конечно же, править лучше исходный звук. Если при записи гитара не звучит как надо, в миксе потом будет проблематичнее крутить.
А то что у тебя звук меняется - скорее всего гитары друг друга перекрывают по частотам.